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【阿里云】三代测序组装解决方案

发布者:极豹云发布时间:2022-05-19访问量:301
三代测序组装解决方案为大基因组组装提供高效稳定的技术支持,三代测序与二代测序相比有着长读长的天然的技术优势,正得到市场的青睐,但是基因组组装速度慢,耗时长也阻碍了应用的推广。阿里云三代测序组装方案,在保证最终结果一致的条件下,无需改变传统软件用法,节约50%以上的效率和成本。


方案架构
架构介绍
1.不改变计算结果的条件下做算法优化
2.优化固定集群为按需计算服务,根据任务类型分配实例
3.组装软装CANU命令不变,提供性能监控和费用统计

方案价值
支持多个物种同时组装,不受资源规模限制,计算通量和项目完成时间有保障
计费模式灵活,完全按需计算,只需要支付实际使用计算资源
能够统计单个项目使用的资源和费用,成本清晰



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三代组装全面加速
Canu软件同时适用于PacBio SMRT与纳米孔测序两款主流的单分子测序平台的数据,可以执行reads的纠错与组装部分的工作。阿里云优化三代组装软件Canu,在保证基因组的组装质量完全一样的情况,运行时间和成本降低50%以上。完美解决超大基因组组装耗时长,计算量大的难题。

方案优势
组装结果一致
不改变软件用法,最终结果保持一致,符合科研用户需要。

降本增效,节约50%以上的时间和成本
软件计算效率优化;
动态细粒度资源调度优化;
基因计算专属经济型实例。

支持多个组装项目同时执行,无需等待
弹性计算资源满足任意规模业务需要;
强大的存储产品保证并发计算带宽需求。

方便生产管理
内部多个用户/项目隔离,互不干扰;
提供计算性能监控,任务日志查询;
提供单个项目的费用统计。


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